Ученый совет ИМОМИ принимает решения по работе и развитию Института во всех сферах – учебной, научной, кадровой и административной. В его составе - ведущие представители профессорско-преподавательского состава Института.
Дирекция объединяет, в основном, заместителей директора Института, которые решают текущие административно-распорядительные вопросы.
Организацией и обеспечением учебной деятельности занимаются три учебных офиса ИМОМИ:
- учебно-методический отдел (кабинет 102) занимается составлением и корректировкой учебных планов по всем направлениям и формам обучения, расписаний занятий и экзаменационных сессий, систематизацией нагрузки преподавателей
- учебный офис (деканат) (кабинет 208) работает с бакалавриатом и магистратурой всех форм обучения
В ИМОМИ функционируют 12 кафедр и несколько учебно-исследовательских центров.
Центр информатизации и технических средств обучения решает вопросы информационно-технического обеспечения учебного процесса и научно-исследовательской деятельности.
Публикацией научных достижений занимается Редакционно-издательский отдел ИМОМИ.
В ННГУ им. Н.И. Лобачевского действует Диссертационный совет, который уполномочен принимать к защите диссертации по историческим и политическим наукам. В его составе работают ведущие сотрудники ИМОМИ.